El 12 de abril de 1587, con Felipe II como rey de España, sin declarar la guerra, la flota inglesa zarpó de Plymouth rumbo a Cádiz, con veintisiete barcos de gran porte y unas catorce lanchas más pequeñas con capacidad para cuarenta personas cada una. De las de gran porte, cuatro eran de la Royal Navy: el Elizaberth Bonaventure, con el propio Drake al mando; el Golden Lyon; el Rainbow; y el Dreadnought; el resto estaba compuesto por buques mercantes y pinazas, que era un tipo de embarcación más pequeña, construida totalmente en madera de pino, y de vela. Todas ellas iban pertrechadas para el ataque a Cádiz y destruir la flota que allí se estaba construyendo. Para costear los gastos producidos por esta flota, se solicitó aportación económica a varios comerciantes de Londres, que participarían de los beneficios en proporción al dinero invertido, reservando el 50 % de los beneficios a la reina Isabel por aportar los barcos de guerra y ser la organizadora de la expedición.
Siete días después de la partida de la flota, la reina Isabel, por consejo de sus asesores, se retractó de la decisión de atacar a España sin previa declaración de guerra y envió a Drake una contraorden, por medio del velero más veloz de la Royal Navy. Esta contraorden nunca llegó a manos de Drake porque el barco que debía entregarla, al poco de salir de Inglaterra, encontró vientos contrarios que retrasaban su marcha, por lo que decidió regresar a puerto sin haber podido dar alcance a la flota.
Al llegar la flota a las cercanías de Galicia, una gran tormenta, que duró siete días, la dispersó y hundió a una de las embarcaciones de menor porte. Durante la navegación por la costa de Portugal, Drake interrogó de forma constante al informador espía.
Cuando estimaron que se encontraban en la latitud del cabo San Vicente (extremo suroeste de Portugal), pusieron rumbo este en busca del faro del cabo para seguir costeando en demanda del puerto de Cádiz.
−Dad orden de arriar las banderas y gallardetes de toda la flota
−Y dime, si quisiera tomar la ciudad para su saqueo, qué consejo me darías.
−Sir, el consejo sería dominar el puente de Zuazo, que es la única unión con el continente y por donde podrían llegar los refuerzos. De esta forma, tendría a su merced la ciudad.
Drake dio orden de inmediato para que, cuando empezara el ataque, dos embarcaciones se dirigieran puerto adentro hasta alcanzar el puente Zuazo.
El 29 de abril de 1587, hacia el ocaso, la flota de Drake llegó a la hora mejor para atacar por sorpresa. A esa hora, el pueblo de Cádiz se distraía en dos fiestas locales con dos espectáculos en la plaza mayor, por lo que la población no se encontraba preparada para la defensa, máxime cuando se hallaban sin declaración de guerra con Inglaterra.
Al acercarse la flota a Cádiz sin bandera alguna que identificase su nacionalidad, el mando en Cádiz decidió enviar al encuentro de la misteriosa flota siete embarcaciones (una galera con remos y seis galeotas de menor porte también con remos), todas equipadas con artillería, para que salieran a su paso y obligar a identificarse a la flota que se acercaba.
Recibieron un violentísimo recibimiento por parte de la flota atacante. La galera y las galeotas dieron media vuelta ante el superior alcance de la artillería enemiga haciendo señales al castillo de San Sebastián.
La noticia corrió por Cádiz. Las mujeres y los niños, en busca de un refugio seguro, se dirigieron a la fortaleza de la ciudad. Lamentablemente, el comandante de la fortaleza determinó cerrar las puertas para reservar sitio solamente a las personas que pudieran combatir. Los mayores, mujeres y niños se fueron agolpando a los pies de las cerradas puertas. Cientos de ellos golpeaban la puerta en demanda de refugio. Los más corpulentos, valiéndose de su fuerza, no dudaban en empujar o pisotear a cuantos encontraban en su camino. Más de mil personas se reencontraron en poco tiempo, disputando por llegar a la puerta en busca del amparo de la fortaleza. El pánico y los empujones entre la población hicieron caer al suelo a muchas mujeres y niños, que fueron pisoteados sin piedad a causa del terror contagiado.
La pequeña explanada que daba paso a la puerta de la fortaleza quedó despejada de todo ser viviente. Se contabilizaron veintisiete cuerpos entre mujeres y niños asfixiados por la muchedumbre. Tres de las mujeres fallecidas, distinguidas por sus costosos ropajes, pertenecían a familias ilustres.
Los cañones ingleses no tardaron en empezar a hacer blanco en las mal defendidas almenas del fuerte. La artillería española, con sus escasos recursos artilleros, aguardaban escondidos en espera de una mejor distancia donde pudieran hacer blanco a las naves atacantes.
Dos naves inglesas se adelantaron para controlar el puente Zuazo, en el fondo de la bahía. La suerte corrió de parte de los españoles en esta ocasión. Dos galeras españolas encargadas de labores de mantenimiento del puente, sin munición ni soldados, indujeron a los enemigos a retirarse por pensar que el puente Zuazo estaba bien protegido. Drake, enterado del resultado de la operación, decidió mandar lanchas para desembarcar en la ciudad y, una vez obtenido el control de la operación, saquearla.
Cuando las lanchas estuvieron a tiro de la fusilería española, comenzó la defensa de la ciudad con algunos cientos de fusiles entre tropa y paisanos. Desde la fortaleza se sirvió el fuego más encarnizado, aunque las tropas que iban llegando a Cádiz se sumaban desde cualquier punto a repeler el ataque de las lanchas.
El libre paso por el puente Zuazo permitió el avance de miles de soldados a caballo que, al galope, acudieron de forma inmediata tomando posiciones en defensa del ataque enemigo. Drake dio orden al capitán artillero para que hicieran fuego a discreción. Los pocos cañones útiles que quedaban en la fortaleza, aunque de calibre inferior al que portaba la flota atacante, eran precisos en sus disparos logrando hacer retroceder a las lanchas de desembarco. Otros cañones, dado que la flota inglesa se encontraba a tiro, disparaban con gran precisión sobre la nave insignia, Elizaberth Bonaventure, donde se hallaba el propio Drake. Las balas empezaron a caer en la parte de popa levantando astillas del palo mesana y de cubierta. Por un momento la cubierta del Elizaberth Bonaventure se vio envuelta en una nube de polvo y astillas; los siguientes disparos lograron alcanzar la zona central de la nave levantando un enjambre de astillas aguzadas como puñales de más de dos palmos.
Entre todos los navíos anclados, sobresalía un precioso e inmenso galeón genovés cargado de valiosas mercancías y dispuesto a zarpar hacia Italia. La desafortunada embarcación sirvió de entrenamiento con un violento cañoneo por parte de la flota inglesa, sin existir provocación alguna por parte del galeón, lo que causó su hundimiento en pocas horas.
Al anochecer, fueron incendiados cinco navíos que, vacíos de carga, se disponían a zarpar para Nueva España. La jornada siguiente, con la luz del día, los ingleses se dedicaron a destruir, cómodamente, la flota anclada en el puerto. Pasado el día y sin navíos que pudieran representar un peligro, Drake ordenó fondear la flota en el puerto interno de Cádiz, donde, casualmente, se encontraba el bellísimo galeón español Marqués de Santa Cruz, que fue hundido de inmediato. Ese mismo día empezaron con el saqueo de otros diez navíos repletos de arcabuces, municiones y víveres destinados a la armada que se estaba formando en Lisboa para el ataque a Inglaterra. Según iban saqueando las naves, se incendiaban de inmediato.
El resultado del ataque de Drake a Cádiz podría resumirse en la pérdida de 24 embarcaciones, de las cuales 18 fueron quemadas o hundidas y 6 apresadas. También se robaron cantidades ingentes de municiones y víveres destinados a la armada que se estaba formando en Lisboa, y, lo que es más curioso, se llevaron 2.900 toneles de vino, que hicieron las delicias en Inglaterra, lo que causó una disminución considerable en las importaciones desde España. Dentro de lo malo, gracias a Francis Drake, el vino de Jerez fue apreciado de una forma general en ese país.
La mañana siguiente, viernes 1 de mayo de 1587, los ingleses habían agotado la posibilidad de causar más daño, por lo que se dispusieron a partir. Sin embargo, en el momento en que se disponían a levantar velas, el viento calmó y obligó a retrasar la partida. La bonanza duró todo el día. Engalanaron las naves con banderolas y gallardetes multicolores y prepararon conciertos de música popular en cubierta con el fin de ridiculizar al enemigo. Pero no terminó ahí su osadía, mandó recibir a bordo al comandante de la flota española y a varios capitanes de las galeras hundidas o apresadas para invitarles a cenar. Los criados del comandante español comentaron que fueron recibidos amablemente y observaron un detalle muy curioso: que a bordo de la flota de Drake todos los tripulantes, desde el paje hasta los oficiales, vestían del mismo modo; solamente Drake llevaba un uniforme de terciopelo para remarcar su autoridad.
