Este acuerdo no pudo alcanzarse en diciembre, como estaba previsto, por las posturas enfrentadas de Comisión y el Parlamento Europeo sobre el importe reservado a la a los primeros para su gestión directa, así como entre el Parlamento Europeo y el Consejo en lo referente al apoyo a la paralización temporal de la flota afectada por la posible ruptura o no renovación de un acuerdo de pesca con un tercer país extracomunitario.
Para llegar al acuerdo alcanzado, el Gobierno ha desarrollado una labor para modificar distintas propuestas de la Comisión de diciembre de 2011, por las que se eliminaban las ayudas estructurales a la flota pesquera (paralizaciones definitivas y temporales, y cambios de motores), se disminuían las posibilidades de otorgar ayudas para inversiones a bordo de los pesqueros y se minimizaban las ayudas a la innovación a la industria transformadora.
En este sentido, tras las negociaciones, la Comisión ha aceptado incluir algunas ayudas estructurales a la flota, entre las que destacan la paralización definitiva, hasta el 31 de diciembre de 2017, aunque el periodo de pago se extenderá hasta el 2019, a la que podrán acogerse aquellos buques pertenecientes a segmentos de flota en los que se haya demostrado, en el informe anual de capacidad de la flota, que existe un desequilibrio entre las oportunidades de pesca y la capacidad. También se ha conseguido la paralización temporal de la actividad pesquera cuando sea necesaria la adopción de medidas de emergencia, se prevean en planes de gestión o planes plurianuales, o en el caso de ruptura o no renovación de un acuerdo de pesca con un tercer país. Asimismo, respecto a la sustitución de motores, se pedirá una reducción del 20 % de la potencia para buques de 12 a 18 metros de eslora y del 30 % para barcos de hasta 24 metros de eslora.
También se han incrementado apreciablemente las posibilidades de ayuda para las inversiones a bordo de la flota pesquera. Entre ellas, las relativas a contribuir a la diversificación de los ingresos mediante actividades complementarias de la pesca, como la pesca turismo, mejora de la higiene o las destinadas a incrementar el valor añadido y la calidad de los productos.
Tras el acuerdo, la política marítima integrada dispondrá de una limitada cantidad (71 millones) para ser gestionada por los Estados miembros, a diferencia de la propuesta inicial que preveía su financiación exclusivamente por parte de la Comisión.
A este respecto, cabe reseñar que los 647 millones que se reservan para la gestión directa por la Comisión suponen, tal y como había solicitado España, una cifra más ajustada a la realidad de la cuantía total del Fondo, que destina a la gestión compartida un total de 5.750 millones de euros.