Durante todo este tiempo la compañía asumió las líneas declaradas de interés general, por el ejecutivo autonómico, como son Santa Cruz-Las Palmas de Gran Canaria, Valle Gran Rey-Playa Santiago-San Sebastián de La Gomera-Los Cristianos, Los Cristianos-San Sebastián de La Gomera-Valverde-Santa Cruz de La Palma y Santa Cruz de Tenerife-Las Palmas de Gran Canaria-Puerto del Rosario-Arrecife.
Así, la sala de lo contencioso administrativo del Tribunal Supremo ha desestimado el recurso de casación interpuesto por el Gobierno de Canarias contra la sentencia del TSJC del pasado 1 de abril de 2011, donde reconoció el derecho de la compañía, hoy perteneciente a Acciona, al abono de la citada cantidad por parte de la consejería de Transportes de la Comunidad Autónoma.
Desde que Trasmediterránea acudió, en el año 2001, a la Justicia para cobrar la deuda del Gobierno canario se habrían generado, según diversas fuentes unos intereses cercanos a los 600.000 euros, por lo que, tras la sentencia del Alto Tribunal, el ejecutivo que ahora preside Paulino Rivero, deberá afrontar una sanción de aproximadamente 10 millones de euros.
En el citado período, Trasmediterránea continuó navegando en aquellas líneas que daban beneficio a la empresa pero, sin embargo y a raíz del incumplimiento del gobierno autonómico, dejó de hacerlo en las deficitarias, pese a haber sido declaradas de interés público por la propia consejería de Transportes.