Según los datos de la autoridad portuaria, se volvieron a rebasar los 5 millones de toneladas, aun con un menor número de buques. Así, los graneles sólidos constituyeron la categoría de mejor comportamiento, con un crecimiento del 5,5%. En total fueron 3.236.676 toneladas, lo que representó el 63,53% del tráfico total del puerto. También destacó el incremento de la exportación. En este apartado, los mayores crecimientos se produjeron en productos siderúrgicos, con un 33%; sulfato sódico, con un 28%; y cemento, con un 17%.
Por el contrario, los graneles líquidos experimentaron un descenso del 43%, que en valores absolutos supuso 99.000 toneladas menos de productos petrolíferos y químicos. Otras mercancías más afectadas por la crisis fueron los automóviles y sus piezas, con un descenso del 18,93% con respecto a 2011, o los transportes de carga Ro-Ro con un 5,91% menos. Estos tráficos tienen origen y destino en el norte de Europa, principalmente.
Según la autoridad portuaria, un hecho muy destacable ha sido la recuperación del tráfico en el último trimestre, con un incremento del 26,5% respecto al mismo periodo de 2011. Esta subida supone un cambio de tendencia en el comercio exterior. Habría que remontarse al año 2007 para encontrar un trimestre mejor.
En lo que respecta al tráfico de pasajeros, Santander se experimentó un descenso durante 2012, año en que pasaron por la Estación Marítima un total de 185.244 pasajeros, frente a los 211.680 de 2011. A lo largo de 2012 el puerto cántabro acogió 10 cruceros, en los que viajaban 9.244 personas, un 23% más que el año anterior, cuando Santander recibió siete cruceros con 7.522 pasajeros.